10日、マレーシアの首都クアラルンプールでACL2016・グループステージの抽選会が行われ、以下のような組み合わせとなった。
グループA
セパハン(イラン)
アル・ナスル(UAE)
ロコモティフ(ウズベキスタン)
アル・イテハド(サウジアラビア)×アル・ワフダ(ヨルダン) の勝者
グループB
アル・ナスル(サウジアラビア)
ゾブ・アハン(イラン)
レフウィヤ(カタール)
ブニョドコル(ウズベキスタン)×アル・シャバブ(UAE) の勝者
グループC
パフタコール(ウズベキスタン)
アル・ヒラル(サウジアラビア)
トラクトル・サジ(イラン)
アル・ジャジーラ(UAE)×アル・サッド(カタール) の勝者
グループD
アル・アイン(UAE)
ナサフ・カルシ(ウズベキスタン)
アル・アリ(サウジアラビア)
ナフト・テヘラン(イラン)×アル・ジャイシュ(カタール) の勝者
グループE
全北現代モータース(韓国)
江蘇舜天(中国)
ビン・ズオン(ベトナム)
※<タイ・プレミアリーグ3位×ヤンゴン・ユナイテッド(ミャンマー)>×浦和レッズ の勝者
グループF
サンフレッチェ広島(日本)
FCソウル(韓国)
ブリーラム・ユナイテッド(タイ)
<≪モフン・バガン(インド)×タンピネス・ローバース(シンガポール)》×山東魯能(中国)>×アデレード・ユナイテッド(オーストラリア) の勝者
グループG
メルボルン・ビクトリー(オーストラリア)
※天皇杯優勝クラブ
水原ブルーウィングス(韓国)
<ムアントン・ユナイテッド(タイ)×ジョホール・ダルル・タクジム(マレーシア)>×上海上港(中国) の勝者
グループH
広州恒大(中国)
シドニーFC(オーストラリア)
※ガンバ大阪(日本)
<ハノイT&T(ベトナム)×傑志(香港)>×浦項スティーラース の勝者
※広島、ガンバが天皇杯を制した場合、Gにガンバ、Hに浦和、EにFC東京(繰り上がり)、浦和が天皇杯を制した場合、Gに浦和、EにFC東京(繰り上がり)
2015シーズンのJリーグ王者に輝いたサンフレッチェ広島はグループFに入り、昨年まで広島でプレーした高萩洋次郎が所属するFCソウル(韓国)、ブリーラム・ユナイテッド(タイ)と同組となった。
同2位のガンバ大阪は今年のACL王者・広州恒大(中国)と同じグループHに、同3位の浦和はグループE(プレーオフ)に入ったが、両クラブとも天皇杯で優勝した場合はそちらが優先され、グループGに移動する。
また、広島、ガンバ、浦和のいずれかが天皇杯を制した場合は2015シーズン4位のFC東京が繰り上がりとなり、グループEに入る。